好比一张摄影的照片，人为得可以分割成许多小方块。如果照片本身很清晰，那么分割得越小，放大同样倍数后，看到的细节也会越多；但是如果照片本身不是很清晰的，分割得再小，放大后也是看不清细节的。分割的大小对应重建尺寸，而图像本身是否清楚对应的是图像分辨率。
前面提到，空间分辨率受系统几何参数的影响，决定了影像的清晰度。
为证实真实的空间分辨率，某些公司专为评估显微CT系统的空间分辨率而设计了一种模体作为扫描和重建的对象。它含有处于正交取向的两个完全相同的硅芯片，各自带有若干不同粗细的校准线和图案。扫描和重建这样一个模体可证明真实的空间分辨率。
① 新鲜取出的器1官或骨组织样本去除血液，生理盐水漂洗，用中性4%的多聚甲醛或者10%的福尔1马林固定，使用合适尺寸的密封器皿储存，并用封口膜封好，室温保存。
② 固定液体积是组织体积的5倍以上，样本需完全被固定液浸没，装组织的密封器需比组织大（避免挤压影响组织形态），同一批样品保存容器及存储液一致，避免系统误差。
显微CT成像的原理是采用微焦点x射线球管对样品各个部位的层面进行扫描投射，由探测器接受透过该层面的X射线，转变为可见光后，再由光电转换器转变为电信号，后经模拟/数字传换器转为数字信号，输入计算机进行成像。显微CT能够提供几何和结构2 类基本信息，几何信息包括样品的尺寸、体积和各点的空间坐标，结构信息包括样品的衰减值、密度和多孔性等材料学信息。